当长时间不使用电主轴时，需要做好保护，避免发生损坏。需要在主轴上装一刀柄，以保护卡刀的锥孔，主轴在没有装上刀柄的情况下是不允许转动的。

只有锥形的刀柄和具有良好动平衡特性的刀具才可以在高速转动下使用。不要使用被打孔的刀柄。

在安装时因为电主轴的轴承需要保持清洁，所以主轴的连接操作应在干净的环境中进行，否则轴承的寿命将显著减少。

电主轴在工作中时，内装电机和滚柱轴承在旋转的过程中将造成很多的热，因为电主轴结构紧凑、间隙较小、自发性热管散热实际效果较差，假如发热量无法得到立即的释放，会造成 电主轴內部零件中间造成不一样水平的热变形。

液體冷却就是指在电主轴的內部设计方案冷却水循环系统，在外界配备相对的冷却机,使冷却液體在主轴內部循环系统带去內部发热量。这类冷却方法的优势设计方案简易靠谱,冷却实际效果比较显著，缺陷是对主轴轴芯的冷却实际效果较为差,冷却机的成本费较为高。主要的解决方法是采用循环冷却结构，分外循环和内循环两种，冷却介质可以是水或油，使电动机与前后轴承都能得到充分冷却。

在数控机床中，电主轴通常采用变频调速方法。目前主要有普通变频驱动和控制、矢量控制驱动器的驱动和控制以及直接转矩控制三种控制方式。

直接转矩控制是继矢量控制技术之后发展起来的又一种新型的交流调速技术，其控制思想新颖，系统结构简洁明了，更适合于高速电主轴的驱动，更能满足高速电主轴高转速、宽调速范围、高速瞬间准停的动态特性和静态特性的要求，已成为交流传动领域的一个热点技术。客户在使用电主轴前应先低速磨合，磨合从电主轴的低转速开始运行，30分钟后按3000转级差进数，若不磨合直接高速启动，会产生异响、噪音、发热等现象，影响主轴承使用寿命。