碳二类化合物可用于氨基和羧基的缩合。在该类化合物中N，Nˊ－二环己基碳二（DCC）相对便宜，而且可溶于肽合成常用的溶剂。在肽键形成期间，碳二转变为相应的脲衍生物，N，Nˊ－二环己基脲可以从反应液中沉淀出来。显然，碳二活化后的活性中间体氨解和水解速率不同，使肽合成能在含水介质进行。经几个课题组的大量研究，确立了以碳二为缩合剂的肽缩合反应机理，羧酸根离子加成到质子化的碳二，形成高活性的O－酰基脲；虽然还没有分离出这个中间体，但通过非常类似的稳定化合物推断了它的存在。O－酰基脲与氨基组分反应，产生被保护的肽和脲衍生物。或者，与质子化形式处于处于平衡状态的O－酰基异脲,被第二个羧酸酯亲核进攻，产生对称的氨基酸酐和N，Nˊ－二取代脲。



多肽是复杂的大分子，因而每条序列在物理和化学特性上都是共同的，有些多肽合成很艰难 ，另有些多肽虽然合成相对简单，但纯化艰难；常见的疑问是很多肽不溶于水溶液，因而在纯化中，这些疏水肽有必要溶于非水溶剂中或特别的缓冲液，而这些溶剂或缓冲液很也许不适合应用于生物试验体系，因而研究人员不能运用该多肽到达自个的意图。

Boc方法是经典的多肽固相合成法，以Boc作为氨基酸α-氨基的保护基，类作为侧链保护基，Boc的脱除通常采用三氟(TFA)进行。多肽合成时将已用Boc保护好的N-α-氨基酸共价交联到树脂上，TFA切除Boc保护基，N端用弱碱中和。

肽链的延长通过二环己基碳二(DCC)活化、偶联进行，终采用强酸(HF)法或三氟甲磺酸(TFMSA)将合成的目标多肽从树脂上解离。在Boc多肽合成法中，为了便于下一步的多肽合成，反复用酸进行脱保护，一些副反应被带入实验中，例如多肽容易从树脂上切除下来，氨基酸侧链在酸性条件不稳定等。