红外光显微镜在生物学中的应用范围是有限的。当用可见光观察不透明的某些物体时，在较溉的红外光区域就会变得透明，这种效应已经被用于研究在某些昆虫中发现的渗入黑色素的甲壳质层。但是，某些有机物质在2-30微米波长范围内的吸收特性实际上并没有应用到生物学物质的定性和定量的显微研究中，除了仪器和像的记录问题而外，也由于在这种波长范围内分辨力的损失已经变得十分引人注目。一个数值孔径为0.6物镜的小分辨距离大约与所使用的光线的波长是相等的，这就意味着使用一个这样孔径的反射物镜，以波长为10μm的红外光观察一个直径为10μm左右的细胞几乎是不可能的。




对于故障分析而言，微光显微镜(Emission Microscope, EMMI)是一种相当有用且效率极高的分析工具。主要侦测IC内部所放出光子。在IC元件中，EHP(Electron Hole Pairs) Recombination会放出光子(Photon)。举例说明：在P-N 结加偏压，此时N阱的电子很容易扩散到P阱，而P的空穴也容易扩散至N然後与P端的空穴（或N端的电子）做 EHP Recombination。




微光显微镜侦测得到亮点之情况：会产生亮点的缺陷 - 漏电结（Junction Leakage）; 接触毛刺（Contact spiking）; （热电子效应）Hot electr;闩锁效应（ Latch-Up）;氧化层漏电（ Gate oxide defects / Leakage(F-N current)）;多晶硅晶须（Poly-silicon filaments）; 衬底损伤（Substrate damage）; （物理损伤）Mechanical damage等。原来就会有的亮点 - Saturated/ Active bipolar transistors; -Saturated MOS/Dynamic CMOS; Forward biased diodes/Reverse；biased diodes(break down) 等。