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大多数种类的脊索只见于发育早期（圆口纲、鱼纲和硬骨鱼纲例外），以后即为由单个的脊椎骨连接而成的脊柱所代替。原生水生动物用鳃呼吸，次生水生动物和陆栖动物只在胚胎期出现鳃裂

脊椎动物亚门的动物的脊椎都包在肌肉里面，是脊索动物门中和的亚门。这个亚门的成员拥有的肌肉大多数是一对一对的肌肉。***系统有一部分在脊梁骨中间。脊椎动物亚门动物的骨骼是体内骨

向前逐步追溯它们在无脊椎后口动物中的完善的祖先序列。我国保存了五亿三千万年前的众多精美后口动物软躯体构造化石的澄江化石库，恰好靠近这样的“源头”。为中国学者揭开这一谜团提供了一个难得的机遇。

有些种类脊椎骨多达100块。椎体为双凹型或后凹型，躯椎具不发达的肋骨。有些种类尚没有荐椎的分化。腰带连接脊柱的部位尚不固定，如泥螈（Necturus）的腰带有些连在8椎骨上，有些连在9或第20椎骨上，甚至一侧连8，另一侧连9椎骨上。