在柠檬酸的工业生产中都采用微生物发酵法，工业用柠檬酸，而有价值的只有几种曲霉菌和酵母菌，其中黑曲霉菌是工业中具有竞争力的，酵母中竞争力强的有解脂假丝酵母和季也蒙赤酵母等。 黑曲霉是在琼脂上培养的，在琼脂上成局限菌落，在室温下培养10~14天，成为丰富密集的孢子梗，菌落为黑色，工业柠檬酸厂家，有时也为深褐黑色。考虑到柠檬酸生产菌应具有产酸能力强和耐柠檬酸浓度高的特点，可采用酸性滤纸法、变色圈法和单孢子移植法将黑曲霉分离出来，以避免其他杂菌干扰，使其成为生产柠檬酸用黑曲霉。

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