养殖泥鳅种苗往往会遇到易繁殖、难培育的尴尬局面，苗种培育成活率总是停滞在20%左右止步不前，目前情形很难形成大规模养殖推广格局，严重制约了泥鳅产业化发展。在放苗前要用生石灰或漂白彻底清塘，待一周后水体毒性完全消失后，方可放苗，并在放苗前事先放入数条泥鳅种苗试水，4小时~8小时内无异常反应，泥鳅种苗方可正式下塘，池塘水深一般保持在30厘米~50厘米。

泥鳅种苗在体长2厘米左右有一个发育的阶段，此阶段运输会严重影响泥鳅种苗的成活率。因此，养殖者应选择引进体长达到3厘米左右的小苗(寸苗)，以确保安全。寸苗的运输也比较方便，短途运输使用塑料箱、塑料盆、铺有塑料膜的竹筐等容器均可运输。24小时之内不能到达的，采用空运。泥鳅种苗空运一般采用充氧鱼苗袋带水运输，一般只要24小时之内能够到达都是比较安全的。

泥鳅种苗孵出第三天，卵黄囊全部消失，进入摄食阶段。此时，应投喂一些代用饵料，如蛋黄、豆浆等。每100万尾泥鳅种苗投喂一个蛋黄，或每100万尾泥鳅种苗投喂100克-150克豆浆(以豆的湿重计算)。另外，可投喂一些浮游生物，如轮虫等，投喂时应使轮虫的密度达到每毫升水体5个以上。刚孵出的泥鳅种苗经过3天-5天即可进入池塘培育。