联动调试一般情况下分为两个阶段进行，即风量分配阶段和联动阶段。
1、风量分配风量分配即将各个洁净室的送风量、回风量、新风量、排风量全部按设计要求调整到设计风量。因为一个洁净厂房可能有多个空调送风系统，或一个空调送风系统要负担多个洁净室的送风。因此，风量分配调试工作是一项工作量大、时间长、耐心细致的工作，风量分配调试工作也是整个调试工作的***工作。常用的风量分配调试方法采用标准风口法。所谓标准风口法，就是在风量分配之前，将所有阀门都开到***大的情况下，在所有的送风口这中找到***不利的送风口（送风量***小的送风口） ，将此风口作为标准风口。在标准风口上设一监测仪表，随时测试标准风口的风量变化。然后调整其它所有风口风量。因为调整任何一个风口风量时，都会影响已调整过的风口的风量的变化； 因此， 在调整任何一个风口风量时， 都要以标准风口当时风量为参照风量，使所有被调风口的风量均随标准风口的风量变化而同步变化。当一个净化空调系统负责多个洁净空调时， 调试要以洁净室为单位由末端向总干管方向进行，对各洁净室首先调整其送风量的相对关系量，然后，再用系统的总阀门来将每个送风口，每个洁净室的送风量都调整为真实的设计送风量。
2、联动调试联动调试在风量调整和单机试车后进行。 联动调试就将净化空调系统和为净化空调系统服务的所有系统即：供冷系统（冷冻机、冷却塔、水泵以及供冷系统上所有的配件） 、供热系统（锅炉、水泵以及供热系统上所有配件） 、供电系统（配电箱、变频器??）和自动控制系统全部投入运行，考核各系统的综合性和联动能。必要时，在洁净室内人为的设置一定量的负荷，考核温、湿度探头、中间仪表和执行机构的联动是否敏感、协调；考核温、湿度探头是否准确，精度是否合格。
