生物菌分解有机肥的时候，有机肥招标，会需要蛋白质和纤维素那么如果我们的蛋白质过多的有机肥，比如豆粕做的有机肥和鸡粪做的有机肥其中蛋白质含量较高，那么生物菌在肥料中就可以得到足够的养分，自然就不会对土壤起到很好的改良作用。也就是说我们要改善碱性土壤，要用以植物纤维为主要成分的有机肥，利于以秸秆和食草动物粪便制作的有机肥。但是这类有机肥的缺点就是肥效低，因为含有的能量少，有机肥营养，都是植物纤维，但是时间持久。那么以豆粕和鸡粪一类的制作的有机肥，有机肥的市场，肥效要大很多，而且肥效也相对较快。

应用有机肥实际效果欠佳的缘故：1.养分因为原料自身 养分低或发酵生产工艺流程缘故，有机肥，一些公司的有机肥发酵出来，其养分并不过关，再加一些厂连化学实验室也没有，一批商品就是这样进到了销售市场。2.pH值在发酵全过程中，pH转变很大，假如发酵过程管理不太好，有将会发酵出来会发觉pH在8.5左右，或5.5下列。非常是过酸的商品会造成农作物生长发育遇阻。3.氯离子含量一些生产厂家应用氯铵这一类有效氯有机肥添加到有机肥中，以提升总养分中的氮，这都是造成氯离子含量高，危害农作物的生长发育。

有机肥土壤污染物种类很多，早已有105种上下的化合物对地理环境造成了空气污染。这类污染物结构和成份各有不同，因而不大可能用105种微生物混合一起来制成制剂。***遗传转移更难以达到；生物灭虫剂和生物除莠剂等的原理区别十分巨大，理应为一菌一种适用范围。因而只能制成单一的菌剂。而且充分发挥的时间较长。生物有机肥料中的菌剂一些并非广泛性的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后没法种活，而且在运用前一般也只能保持3月的重型货架期。

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