经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。

　　误区一：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。

　　部分微生物jun种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。

　　要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。

　　误区二：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。

　　少数用户在选购微生物肥料时，只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。

　　现阶段在农业获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合***菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等，不同品种具有的功能也不同。

　　误区三：超过保质期使用就没有效果。

　　超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。

　　在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，超过保质期使用，其作用非但没有减效，而且较之前更突出，有待进一步研究。

复合微生物肥料。指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的huo体微生物制品。

　　微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N P2O5 K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的***明显的区别。微生物菌剂里面的jun种纯度高，有效活菌数含量≥50亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。

无机复合肥，复合肥一般主要含有两种以上的肥料。氮，磷，钾三大元素，像是磷酸二氢钾属于二元复合肥。这样的肥料一般采用化学合成的方法生产，具有肥效快成养分高，施入土壤后能迅速被农作物吸收，所以又叫效性肥料，我们一般称它为化肥。虽然这种肥料肥效高肥效快，但是所含有的养分不够丰富多样，长期大量单一使用，会使土壤酸，碱，盐化程度增加，不利于农作物增产增收，化学肥料由于水溶性好容易流失。就像我们平时遇到增施无机复合肥越多，增产的效果并不一定能随着化肥的投入量增大增多而增产显著。相反的还有可能使土壤的肥力降低，土壤变劣。因此无机复合肥如果配合有机肥，菌肥等使用，才有可能发挥大的肥效。