适用的信号类型不同：示波器主要用途用来观察信号的时域特性（也就是电压随时间的变换特性），主要适用于基带信号的分析（正弦波，方波，比特流等未调制信号），而频谱分析仪主要针对射频信号（尤其是带了调制的复杂信号或者多频率信号，这样的信号在时间轴上几乎看不出任何规律）的分析。虽然示波器也可以通过FFT从频率域的角度显示信号，但它的性能指标一般不足以分析射频的，带调制的信号。

在射频测量领域，经常需要这样大的动态范围。　　1. 关注的是射频设备和射频信号测试（载波以及经过调制以后信号），比如测试射频收发信机　　2. 宽频段内对未知信号进行检查，比如空中信号的成分以及各种射频干扰，电子产品的的EMC测试等　　3. 同时关注大信号和微小信号，比如希望了解发射机的信号的失真，互调，杂波等。　　4. 关注毫伏级以下的弱小信号的时候，比如关注印刷电路板上信号间的耦合，电源和时钟上寄生的杂波等。　　前三种应用情况是典型的频谱分析仪的应用，而第四种情况并不为所工程师们熟悉，常常是令电路设计工程师的问题。很多时候，工程师们在研发后期发现整机有问题进行故障诊断和调试时才考虑到这个。

　有的频谱分析仪内置跟踪信号源，N9030B频谱仪，或者支持外接跟踪信号源，频谱分析仪与跟踪信号源配合使用，可以显示双端口网络的频幅特性，扩展了频谱分析仪的用途。该功能类似扫频仪和标量网络分析仪的主要功能，比普通老式扫频仪的精度要高得多，可以应用于滤波器的调校。如果频谱分析仪与跟踪源配合驻波电桥，还能直接图示化显示天线的匹配情况，具有天线分析仪的部分功能。

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