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作者:立博泰业2022/7/20 19:45:12






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尿DNA糖基化酶尿DNA糖基化酶(UDG酶)又称尿-N-糖基化酶(UNG酶),可水解含尿的单链和双链DNA释放出游离尿,而对RNA无活性,与dUTP搭配使用,可建立成PCR防污染体系。其原理如下:在PCR体系中将dTTP部分或全部替换为dUTP后,使得反应生成含有dU碱基的扩增产物,这些扩增产物不同于天然模板,在进入含有UDG酶的反应体系时,可被UDG酶识别并切割尿碱基与糖磷酸骨架间的N-糖基键,而经切割后的DNA链在碱性或高温条件下易于断裂降解,从而失去被当作模板再扩增的能力,因此可防止扩增子污染(如下图)。市面上的UDG酶主要有普通型和热敏型,其中热敏型UDG酶在室温条件下即可催化反应,50℃以上加热可使其灭活,防止其降解后续PCR形成的含dU扩增产物。虽然UDG/dUTP体系具有防污染功能,但在实际测试中还得兼顾PCR的效率和灵敏度。一方面需确保PCR扩增产物掺入足够量的尿碱基,从而可被UDG有效切割;另一方面也需要保证反应体系添加的dUTP不会明显影响PCR效率,因此dTTP和dUTP的佳比例需通过优化确定。



恒温扩增常用酶

恒温扩增的方法多种多样,其对应的酶体系也各有差别,且一般为多酶体系,在酶原料选择上相比PCR复杂,下面只列举一些主要的恒温扩增方法相关酶。

LAMP相关酶环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)所用酶主要为具有链置换功能的DNA聚合酶,详细原理可参考聊聊恒温扩增技术。常用酶为Bst DNA聚合酶,用于DNA链合成,同时具有链置换功能;若检测模板为RNA,则可加入逆转录酶配制成RT-LAMP反应体系。



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NEAR相关酶

切口酶扩增反应(Nicking Enzyme Amplification Reaction, NEAR)是一种基于切刻内切酶切割特性的恒温扩增方法,详细原理可参考啥黑科技可10分钟完成核酸分子检测?。其使用的酶有两种:切刻内切酶:如Nt.BstNBI切刻内切酶,该类酶不同于常规限制性内切酶,其识别特定序列后仅在DNA其中一条链上切割形成缺口,并暴露出游离的3’端;DNA聚合酶:如Vent (exo-) DNA聚合酶或Bst DNA聚合酶,用于DNA链合成,同时具有链置换功能。



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