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在复合分子泵的设计中，必须处理好涡轮级与牵引级之间的应配和衔接关系。由于涡轮级有较大的抽气面积，抽速很大，而牵引级沟槽抽气面积较小，在两种结构的联接处，由涡轮叶片压缩下来的气体分子的流动方式突然转变，使气体分子的运动在联接处由有序变成无序，至使返流增加，抽气能力下降。因此，在设计时应在涡轮级和牵引级转换处加上过渡级结构，以提高泵的抽气性能。

涡轮分子泵的优点是启动快，能抗各种射线的照射，耐大气冲击，无气体存储和解吸效应，无油蒸气污染或污染很少，能获得清洁的超高真空。涡轮分子泵广泛用于高能、可控热核反应装置、重粒子以及真空镀膜等需要获得高真空度制造工艺中。

分子泵在国外半导体领域里的许多工艺场合是用来代替低温泵，尤其是溅射、刻蚀和LCVD等装置都采用复合分子泵和牵引泵作为主泵。  由于分子泵对水蒸气的抽速仅为同口径低温泵抽速的四分之一，所以分子泵的排气时间比低温泵长。

由于水环泵被用来抽除或含尘含水的气体，在工作时只要向泵体中装有适量的水作为工作液可以按照当叶轮按图中指示的方向顺时针旋转时水会被叶轮抛向四周，在离心力的作用下水液又可以形成了一个决定于泵腔形状的近似于等厚度的封闭圆环而且正是因为水环的上部分内表面与叶轮轮毂相切并且下部内表面刚好与叶片顶端接触。