食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收，而食用菌却能分泌溶解这些物质的酶，并将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞吸收的小分子糖、酸、醇等。在这些酶的参与下，食用菌不断获得营养，菌丝体不断发展充实，长成子实体，子实体（菇）采收后，培养料（废料）里留下的大量菌丝体含有营养丰富的菌体蛋白。

可以用发酵剂发酵蘑菇渣用来做肥料的，操作方法如下：

　　1、1～1.5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3.5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可。但碳/氮（即C/N）较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂应该经过稀释。

2、本发酵菌剂是好（耗）氧性微生物，故应加大供氧措施，做到勤翻，拌匀为宜。否则会导致厌氧发酵，影响效果。

废弃的蘑菇渣在农业上的大用途

温度高会造成饲料酸度过大。因为气温高，发酵效率大大提高，原本需要三天左右，现在基本上一天左右即可发酵完全。蘑菇渣是种植蘑菇以后的肥料。经过加工后可以成为很好的有机肥料。蘑菇渣是蘑菇生产后所余下的废料，由于其主要使用的是农作物秸杆等植物性原料合成。日照沃力生物出售蘑菇渣、土薯渣、草木灰、***渣、海藻粉、海藻渣等等。