在综合利用方面，食用菌废料可生产沼气、饲养蚯蚓、加工有机肥（有改良土壤作用）等，因为菇渣养分丰富，ph值一般为 5 - 5.5，持水量为 372%，全氮为 1.62%，全磷为 0.454%， 氮为 212mg/kg，磷为 188mg/kg，有机质 60 - 70%，并含有丰富的微量元素。

除了可作为肥料使用外，还可以作为饲料、吸附剂和园林花卉即蔬菜的栽培基质；特别是经食用菌菌丝分解后的秸杆表面的角质层和硅细胞***及纤维，由于结构遭到***，所以质地疏松，气味芳香，适口性好，是一种营养价值高的饲料。

蘑菇渣不发酵直接使用的坏处：

（1）未经发酵的菇渣施加到土壤中后，在发酵过程中会产生较多的热量，影响到作物的根系部分生长。

（2）未经发酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病虫害。

（3）未经发酵的菇渣大多为有机态或者是缓效态，不能直接被作物吸收利用。

（4）菇渣在发酵过程中，会消耗较多的氧气，导致作物处于缺氧状态，进而影响作物的生长。

（2）水分：物料中的含水量控制在50%左右为宜。

（3）温度：发酵时的温度在15℃以上为宜。

（4）时间：一般发酵一周左右即可，如果是冬天，可以适当延长发酵时间。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。

蘑菇渣发酵方法

（1）发酵：将蘑菇渣粉碎过后，再将菌液兑水稀释，然后和物料混合均匀堆放发酵即可（可以适当添加尿素，来进行软化）。具体使用比例为微生物菌液：蘑菇渣=1：200。发酵物料的过程中注意搅拌均匀，并每隔一段时间翻动一次。

蘑菇渣营养丰盛，是很好的粗饲料资源，如进行发酵解决可制成饲料或很好有机肥料。蘑菇渣的营养成分因食用菌品种和栽培主料等不同而有较大差别，但均匀情况大致如下：粗蛋白质均匀含量约为8％，粗脂肪均匀为0。8％，粗纤维均匀约为17％，无氮浸出物均匀约为40％，同时还含有丰盛的钙、锌、铜、磷、铁、镁等矿物质中微量元素。