食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收，而食用菌却能分泌溶解这些物质的酶，并将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞吸收的小分子糖、酸、醇等。在这些酶的参与下，食用菌不断获得营养，菌丝体不断发展充实，长成子实体，子实体（菇）采收后，培养料（废料）里留下的大量菌丝体含有营养丰富的菌体蛋白。

蘑菇渣为原料,接种外源微生物,测定其对蘑菇渣堆肥的影响.结果表明:接种固氮菌的处理在低温天气中12~21 d仍能保持较高的温度,具有较好的保温作用;接种外源微生物对pH值影响较小;接种固氮菌处理在堆肥进行的46 d内,E4/E6值一直保持在较低的水平,较对照明显加快腐殖化作用。

经腐熟处理的蘑菇渣,其理化性质均能得到较大的改善;含水量为30%~35%的蘑菇渣腐熟效果很好,其次是含水量45%~50%,腐熟效果不好的是20%~25%和60%~65%含水量的蘑菇渣.

食用菌生产后的菌渣是很好的有机肥、育苗基质和无土栽培的基质。首先，对菌渣进行发酵，其次，发酵后的菌渣可以直接与牛粪、鸡粪等有机肥按一定比例进行混合就可以做有机肥了；另外，如果作为育苗基质和无土栽培基质，就要进行脱盐分处理，PH到达7以下。

1、1～1.5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3.5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可。但碳/氮（即C/N）较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂很好的经过稀释。