蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。

蘑菇渣不发酵直接使用的坏处：

（1）未经发酵的菇渣施加到土壤中后，在发酵过程中会产生较多的热量，影响到作物的根系部分生长。

（2）未经发酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病虫害。

（3）未经发酵的菇渣大多为有机态或者是缓效态，不能直接被作物吸收利用。

（4）菇渣在发酵过程中，会消耗较多的氧气，导致作物处于缺氧状态，进而影响作物的生长。

蘑菇渣为主要原料生产有机肥的方法,将主料蘑菇渣以及辅料菜籽粕,草炭,干鸡粪其中一种混合,边混合边加水边将活化菌的均匀撒入,将混合后的菌原料保温,保湿条件进行发酵,在6-9天左右翻堆,大约20—30天左右发酵完成。

优点:发酵周期短;能***堆料中***菌,虫,虫卵,病原菌滋生,分解产生恶臭气体的有机物质,有机硫化物,有机氮等;用途广,可作有机肥用于各种植物生产作底肥或追肥,与相应土壤或珍珠岩等按比例混合后是很好的育苗基质,也是上好的盆栽各种花卉的基质原料。