蘑菇渣作为栽培基质必须有适宜的理化性质，易分解的有机物大部分分解，施入土壤后不产生氮的生物固定，通过降解除去酚类***物质，消灭病原菌、病虫卵和杂草种子。因此，必须对菇渣进行特定工艺的处理，方可作为栽培基质使用。

通常采用好氧堆肥法，利用微生物菌剂发酵作用，即高温堆肥发酵，将菇渣与填充料按一定的比例混合，在合适的水分、通气条件下，使微生物繁殖并降解有机质，从而产生高温，消灭其中的病原菌及杂草种子，使有机物达到稳定状态。

将辅料混合，加入清水搅拌均匀，用水泵向菇渣堆均匀喷洒，翻堆混合，直到含水量在50％左右，用手紧抓，指缝有水渗出，覆膜发酵。温度升高后，经常翻堆，使内外发酵均匀，保证温度在65以下。大概3个月时间，检查菇渣堆料颜色，发酵前堆料呈浅***，发酵后呈黑褐色，发酵前堆料有新鲜蘑菇味。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。

食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收。

原料中的粗蛋白含量是 2 – 8%，废料则为 7.2 – 9.5%；原料中的粗脂肪含量是 0.4 – 2.4%，废料则为 2.7 – 6.7%；又如原料中的粗纤维含量是 29.5 – 40.2%，废料则为 15 – 28.2%；再如原料中的木质纤维含量是 14.5 – 15.1%，废料则为 10.9 – 11.4%。

蘑菇渣是食用菌产业的固体废物,磨菇渣中含有食用菌的代谢产物:包括糖类、有机酸类、酶和生物活性物质,数量庞大的微生物群落以及残留的菌丝体,蘑菇渣具有生态高值化利用的潜力。

为实现蘑菇渣的资源化利用，采用7种常见腐熟微生物菌株，研究了不同微生物复配对蘑菇渣腐熟效果的影响。

结果表明：处理组（蜡状芽孢菌、巨大芽孢菌、多黏类芽孢菌、绿色木霉和黑曲霉）与其他处理组相比具有更好的腐熟效果，发酵堆体温度高达63℃，≥ 55℃持续时间长达12 d，有效活菌数达0.26亿cfu·g，均优于其他处理，pH值和色泽也达要求；腐熟后氮、磷、钾总养分均有显著提高，其中全氮含量提高了36%，达到21.1 g·kg；全磷（PO）含量提高了66%，达到10.1 g·kg；全钾（KO）含量提高了38%，达到25.9 g·kg；有机质降解后含量降至585.4 g·kg。