土壤中添加蘑菇渣能改变土壤有机质含量、腐殖质含量，改善土壤结构，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤的肥力。在柑桔、苹果、梨、葡萄等水果园内将菌渣深施后掩埋，可起到改良果园土壤，提高水果品质的作用，而且肥效持久，经济实惠。同时也可作为蔬菜基肥。

利用蘑菇渣发酵后进行小白菜小区试验，结果表明，蘑菇渣制成的有机肥有助于改善小白菜生物学性状，小白菜的叶片、叶柄长度和叶片宽度等性状优于常规处理，且小白菜产量增产11.2％，叶绿素含量提高9.3％，可溶性糖含量提高3.9％，营养品质得到改善。

在综合利用方面，食用菌废料可生产沼气、饲养蚯蚓、加工有机肥（有改良土壤作用）等，因为菇渣养分丰富，ph值一般为 5 - 5.5，持水量为 372%，全氮为 1.62%，全磷为 0.454%， 氮为 212mg/kg，磷为 188mg/kg，有机质 60 - 70%，并含有丰富的微量元素。

除了可作为肥料使用外，还可以作为饲料、吸附剂和园林花卉即蔬菜的栽培基质；特别是经食用菌菌丝分解后的秸杆表面的角质层和硅细胞***及纤维，由于结构遭到***，所以质地疏松，气味芳香，适口性好，是一种营养价值高的饲料。

蘑菇渣和鸡粪为原料,在长45.5cm,直径31.0cm的圆柱形堆肥仓内,采用间歇式强制通风方式,进行为期44d的堆肥试验。设未灭菌蘑菇渣与落叶联合堆肥和灭菌蘑菇渣与落叶联合堆肥2个处理,研究蘑菇渣中的微生物对落叶堆肥过程中养分变化的影响以及蘑菇渣与落叶联合堆肥过程中养分的变化情况。

在通风量为0.20m·^-1,通风时间为20min·h^-1的条件下,处理-(添加高温灭菌的蘑菇渣)和处理二舔加未高温灭菌的蘑菇渣〉在堆肥11h后分别达到52.0℃和52.5℃的高温,并且分别保持50℃以上达77h和72h;添加未经高温灭菌的蘑菇渣可以加快落叶中有机质的降解,降低堆肥C/N,提高钾的积累,加快中木质纤维素的降解速度,表现为在堆肥结束时,处理二的筛过率较处理-高7.84%;蘑菇渣对落叶堆肥过程温度,水分,总氮,总磷,挥发性固体,pH,NH4^+-N和NO3^--N的影响不大。