蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。

蘑菇渣不发酵直接使用的坏处：

（1）未经发酵的菇渣施加到土壤中后，在发酵过程中会产生较多的热量，影响到作物的根系部分生长。

（2）未经发酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病虫害。

（3）未经发酵的菇渣大多为有机态或者是缓效态，不能直接被作物吸收利用。

（4）菇渣在发酵过程中，会消耗较多的氧气，导致作物处于缺氧状态，进而影响作物的生长。

蘑菇渣是食用菌产业的固体废物,磨菇渣中含有食用菌的代谢产物:包括糖类、有机酸类、酶和生物活性物质,数量庞大的微生物群落以及残留的菌丝体,蘑菇渣具有生态高值化利用的潜力。

为实现蘑菇渣的资源化利用，采用7种常见腐熟微生物菌株，研究了不同微生物复配对蘑菇渣腐熟效果的影响。

结果表明：处理组（蜡状芽孢菌、巨大芽孢菌、多黏类芽孢菌、绿色木霉和黑曲霉）与其他处理组相比具有更好的腐熟效果，发酵堆体温度高达63℃，≥ 55℃持续时间长达12 d，有效活菌数达0.26亿cfu·g，均优于其他处理，pH值和色泽也达要求；腐熟后氮、磷、钾总养分均有显著提高，其中全氮含量提高了36%，达到21.1 g·kg；全磷（PO）含量提高了66%，达到10.1 g·kg；全钾（KO）含量提高了38%，达到25.9 g·kg；有机质降解后含量降至585.4 g·kg。

为给养殖业和蘑菇渣的无害处理和资源利用以及鸡粪堆肥的规模化生产提供技术支撑,研究了低C/N条件下鸡粪堆肥技术的应用效果。以鸡粪、蘑菇渣按照鲜质量比2∶1,初始含水率56%,C/N为16.2配比,进行了周期为58d的条垛式高温好氧堆肥。

结果表明,堆肥开始后48h内堆体温度升高到65.0℃,55.0℃以上高温持续37d,物料彻抵无害化。堆肥产品全氮、全磷和全钾含量分别为20.20、22.74和18.80g/kg,有机质含量456.80g/kg,符合有机肥农业行业标准,含水率、pH值、C/N等指标趋于稳定,腐熟效果较好。