烘干设备运行时，需要烘干的物料在传送带的带动下进入微波烘干箱，微波通过波导馈入微波烘干箱体内，物料分子在高速交变的微波场作用下而产生快速旋转摩擦。这种摩擦以每秒24.5亿次的频率（以2450HMZ频率微波为例）进行，造成分子的剧烈运动与摩擦碰撞，从而产生热量，使物料温度不断升高，由于微波不加热空气，不是传导性加热，没有热辐射损耗，微波穿透能力强，可使物料内外同时受热。
食品烘干机的烘干优点：1、食品加热均匀，产品，微波加热烘干时，食品内部及表面同时吸收微波而发热，避免了传统由外向内形成的温度梯度导致物料表面硬化和内外干燥不均匀的现象。2、烘干速度快、烘干时间短、烘干后产品品质变化小，由于烘干干燥时间短，可以保持食品的特色、香味，营养食品的成分损失较小。3、烘干速度通常提高数倍以上，生产效率大幅提高；烘干能耗比较常规烘干设备降低50%以上。4、食品烘干设备采用整机全不锈钢板制造，符合食品机械卫生标准，设备采用PLC系统，操作简单，智能化控制，实现流水线工作，提升生产效率，提高了企业的效益。
采用微波烘干设备，速度快，品质好。微波的加热方式与传统方式不同，它是通过微波对物体进行非接触式的整体加热，微波直接穿透物料，被物料中的极性分子吸收而迅速发热，不需热传导过程，可以在极短的时间内达到加热温度；微波的选择性加热使物料表里同时均匀加热，没有热梯度，加热均匀，因而产品品质好，很好的解决了传统烘干不、不均匀、变形等缺点，提升产品品质。与此同时，微波还能有效杀灭产品中附带的霉菌、***等，延长产品的使用寿命。
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