沼气肥

作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物。富含有机质和需的营养元素。沼气发酵慢，有机质消耗较少，氮、磷、钾损失少，氮素回收率达百分之95、钾在百分之90以上。沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥，若作旱地基肥施后应复土。沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。

堆肥

作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与泥土、人粪尿、垃圾等混合堆置，经好气微生物分解而成的肥料。多作基肥，施用量大，可提供营养元素和改良土壤性状，尤其对改良砂土、粘土和盐渍土有较好效果。

废弃物肥料

以废弃物和生物有机残体为主的肥料。其种类有：生活垃圾；生活污水；屠宰场废弃物；海肥（沿海地区动物、植物性或矿物性物质构成的地方性肥料）。

1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些***的发现，促使了一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤***接种剂。自此以后，就有诸多的***制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。