肽链上的自由氨基是常见的肽修饰位点，百意欣提供多种修饰方法，使肽链的设计多样化：

　　乙酰化(Acetylation)

　　甲酰化(Formylation)

　　生物素标记(Biotin)

　　脂肪酸修饰(Palm, Myr,Lauryl)

　　TFA、Bzo、Abz、ClAc、Suc修饰

　　Hynic

　　Lipoic

      NOTA

　　肽链C端羧基也是常见的修饰位点：

　　C端酰胺化(Amidation)

　　C端酯化(Ester)

　　AMC

　　AFC

　　PNA

　　Luciferin

　　CMK

多肽合成仪的问世大大促进了多肽科学的发展。反过来，随着多肽科学的发展，科学家也对合成仪提出了更高的要求，从而带动了合成仪的发展。目前多肽合成仪品种繁多，从合成量上分，可分为微克级的，毫克级的，克级的和公斤级的；从功能上分，可分为研究型的，小试型的，中试型的，普通生产型的和GMP生产型的；从自动化程度上分，可分为全自动的，半自动的和手动的；从通道上分，可分为单通道的和多通道的；从技术角度上分，可分为代的，第二代的，和第三代的；等等。

由于反应温度低（如4℃）而导致反应速率相当慢，使得肽缩合反应通常需要几天才能完全。  对于较长的N端保护的肽链，酯基的肼解一般比较困难，因此，使用正交的N保护肼衍生物是一种选择。在肼基的选择性脱除后，按倒接（backing-off）策略组合的肽片段可以用于叠氮缩合。

如前所述，虽然叠氮法一直被认为是消旋化倾向的缩合方法，但在反应中，过量的碱会诱发相当大的消旋。因此，在缩合反应期间要避免与碱接触，例如，氨基组分的铵盐应采用N，N－二或N－代替三乙胺来中和。  

Nα－酰基氨基酸的对称酸酐是用于肽键形成的高活性中间体。与混合酸酐法相反，它与胺亲核***的反应没有模棱两可的区域选择性。但肽缩合产率，为50%（以羧基组分计）。

虽然由对称酸酐氨解形成的游离Nα－酰基氨基酸可以和目标肽一起，通过饱和碳酸氢钠溶液萃取回收，但在，这种方法的实用价值极低。对称酸酐可以用Nα－保护氨基酸与，或方便的碳二反应制得。