作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与河、塘泥及人粪尿同置于积水坑中，经微生物厌氧呼吸发酵而成的肥料。一般作基肥施入稻田。沤肥可分凼肥和草塘泥两类。凼肥可随时积制，草塘泥则在冬春季节积制。积制时因缺氧，使二价铁、锰和各种有机酸的中间产物大量积累，且碳氮比值过高和钙、镁养分不足，均不利于微生物活动.应翻塘和添加绿肥及适量人粪尿、石灰等，

沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。

废弃物肥料

以废弃物和生物有机残体为主的肥料。其种类有：生活垃圾；生活污水；屠宰场废弃物；海肥（沿海地区动物、植物性或矿物性物质构成的地方性肥料）。

天然矿物质肥

矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然***钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。

工厂化无害化处理

如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。

由于有机肥料中各种营养元素比较完全，而且这些物质完全是***、无害、无污染的自然物质，这就为生产高产、、无污染的提供了必须条件。有机肥料含有多种糖类，施用有机肥增加了土壤中各种糖类。有了糖类，有了有机物在降解中释放的大量能量，土壤微生物的生长、发育、繁殖活动就有了能源。重庆畜禽粪便中行带有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶。