植物营养物质污染及危害生活污水和某些工业废水中，经常含有一定量的氮和磷等植物营养物质；施用磷肥、氮肥的农田水中，常含有磷和氮；含洗涤剂的污水中也有不少的磷。水体中过量的磷和氮，为水中微生物和藻类提供了营养，使得蓝绿藻和红藻迅速生长，它们的繁殖、生长、，引起水中氧气大量减少导致鱼虾等水生生物、水质恶化。这种由于水体中植物营养物质过多蓄积而引起的污染，叫做水体的“富营养化”。这种现象在海湾出现叫做“赤潮”。


城市排污入湖河流作为连接湖泊流域"源"(陆地)-"汇"(湖体)的廊道，其水生态系统健康状态是对流域上游陆地生态系统土地利用/覆被变化的响应，而其下游水质污染因子则因流域分水线的封闭性，可以表征上游土地利用/覆被变化对入湖河流水生态系统健康的影响，因此，利用水生生物指标识别入湖河流水质污染因子及其空间分布特征，对于整个湖泊流域的水生态系统健康***和水环境污染总量控制就显得尤为必要。


河流水体污染指未经处理的工业废水、生活污水、农田排水以及其他***物质直接或间接进入河流，超过河流的自净能力，引起水质恶化和生物群落变化的现象。河流的稀释自净能力强，利于污染物扩散、降解，但由于世界上许多大工业区和城市都建立在滨河地区，大量排放废水入河，致使大多数河流受到不同程度的污染。河流污染是指由于人类活动，直接或间接地把物质或能量引入河流环境，造成损害河流生物资源，损坏河水和河流环境质量，危害人类健康等***的影响，也是水体污染的一种。其污染程度随时间变化，而且扩散快，污染影响大。