菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2～3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线。菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15～20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。

降低肥料投入成本有机肥可就地取材、就地施用，来源广、成本低，通过增施有机肥不仅可以培肥地力，增加土壤养分，而且可以提高化肥利用率，相应降低化肥施用量，从而降低农业投入成本。以上有机肥的特点和作用，决定了它在现代持续农业中的重要作用。维持和促进土壤养分平衡植物从土壤中摄取的各种养分可通过施用有机肥料和以植物残体形式回归土壤。回归的程度如何，主要取决于各种有机肥源是否充分积攒、合理积造施用及残体回田率。在农业生产中只有把握这个平衡环节，才能在配合施用化肥的条件下使土壤肥力螺旋式上升。因此，施有机肥是土壤培肥的重要措施。

注意土壤见干见湿的土壤湿度Z为适宜，根据土壤情况施用菌肥，土壤酸碱度也要注意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，比如根瘤菌和固氮菌，土壤呈中性和微碱性都可以。微生物菌肥具有降解和转化土壤中***物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中经济有效的措施。生长期时每亩用量5L冲施或者稀释300-400倍液态菌肥液，浇灌根系或者是定植穴，也可根据植物的大小长势，每棵浇灌或淋湿500ml.　　结果期每亩用量5L冲施或稀释200-300倍液，浇灌根系，且将液态菌肥与其它的化肥交替使用.　　雨雪冷空气来临3-7天前，每亩用量5L冲施或根灌，防冻效果显着.