、改善土壤理化性状，提高土壤肥力有机肥含有大量有机质，一般含量为200g/kg左右。有机质是土壤肥力的重要物质基础。土壤有机质主体是腐殖质，占土壤有机质总量的50%一65%。腐殖质是一种复杂的有机胶体，能调节和缓冲土壤的酸碱度；增加土壤阳离子代换量，提高土壤的保肥性能；增加土壤有机质含量，有利于良好土壤结构的形成，特别是水稳性团粒结构的增加，从而改善土壤的松紧度、通气性、保水性和热状况，对决定土壤肥力的水、肥、气、热状况均有良好的作用。有利于改善土壤的理化性状，提高土壤肥力。

、促进土壤微生物活动土壤微生物在有机质转化过程中起着重要的作用，是衡量土壤肥力水平的重要标志之一。如土壤中有机质的矿质化过程，土壤中有机态氮磷的有效化过程，豆科植物生物固氮过程等，都与土壤微生物的作用有关。因此，施用有机肥料一方面增加了土壤有益微生物的数量和种群，另一方面为土壤微生物活动提供了良好的环境条件，使土壤微生物活动显着增强。

目前，应用的菌肥主要有菌、固氮菌、磷菌、钾菌、EM菌肥料等，菌肥是通过有益微生物的生命活动，对***微生物进行拮抗，促进土壤养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。微生物菌肥主要通过各种菌剂来溶解和释放土壤中的难溶性营养物质，菌在代谢过程中释放出大量无机有机酸，促进硅、铝、铁、镁、钼等微量元素的释放和螯合，有效***土壤板结，促进团粒结构的形成，将固定在土壤中的无效肥转化为有效肥，改善土壤中营养物质的供应、通风和疏松。

微生物菌肥含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了***微生物群体的生存空间，生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对***微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。