优点是可以改善土壤中的一些固定的营养元素，刺激根部的生长和吸收，也可以减少相应营养元素的施肥量。缺点是它没有任何的营养元素，它也不能长时间的提供农作物的营养元素。由于菌肥是由活菌结构成的，通常它是忌阳光直射的也不能和混施，对土壤温度、湿度、酸碱度、有机质含量等环境条件的要求亦较为严格。在水田或旱田也可均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下曝晒。在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或埯播作物做种肥使用。刨埯后将拌有细土的生物菌肥施于埯中，再点种；机播时可将拌有细土或有机肥的菌肥放入施肥箱中，使开沟、施菌肥、播种、覆土、等作业一次性完成。

基肥中，因为有机肥中的养分以磷、钾、氮为主，要与有机肥搭配用化肥少施。磷肥和钾肥可以作底肥一次施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。追施的化肥好用全溶性效肥为主，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。注意施用方法有机肥主要作用是改善土壤，同时也可以提供养分，一般是要在农作物之前把有机肥施入土壤，所以要结合深耕，使有机肥和土壤完全混合在一起，使达到改善土壤的目的，土壤问题严重时要使用带腐殖质有机肥，它可以改善土壤***可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。

生理反应是指肥料经过作物选择吸收后产生的反应，例如，***铵，作物吸收铵离子比***根离子多，从土壤胶体上代换出较多氢离子，增加土壤酸性，称之为生理酸性肥料；又如，作物吸收根离子比钠离子多，从根胶体上代换的碳酸根离子与钠离子结合成碳酸钠水解后产生氢氧根离子，增加了土壤碱性，所以为生理碱性肥料。另外有一类生理中性肥料，如，它们施入土壤后，土壤反应不起变化。