施用菌肥做口肥，要注意与化肥分开用。先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下曝晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就要多一些，拌有菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中微生物。

严禁与一些混用。像、托布津、多菌灵、叶蝉散、菊酝类***等的都不能与碱性肥料一起施用，会导致的降低。化肥具有两种不同的反应，即化学反应和生理反应。化学反应指肥料溶于水中以后的反应，如过磷酸钙的溶液是酸性，碳酸氢铵溶液是碱性，尿素、溶液是中性等。土壤酸化是目前比较严重的土壤问题，其中一大部分原因是由于长期施用化肥造成的。想要解决土壤酸化，那就需要调节土壤的酸碱度，中和土壤酸性，于是碱性肥料开始被大力推广。碱性肥料指的是能呈现碱性反应的肥料。可分为化学碱性肥料和生理碱性肥料两类。例如、钾、硝基复合肥，草木灰，生石灰等都属于碱性肥料。

其次，微生物是土壤的“养分转化师”微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。对应于当前土壤中出现的板结、酸化、盐渍化、土壤贫瘠、地力衰竭等问题，这些问题出现的原因是肥料在土壤中长期积累、残存、得不到有效分解和营养转化，养分的释放和转化正是靠微生物。

此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌，***病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传微生物对作物的危害，提高作物品质和产量。当前，***土壤健康已经迫在眉睫，如果恶况再继续发展下去，我们将无地可耕、无粮可食、无水可饮、无衣可穿。微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的和中心，必将在土壤健康的***中发挥重要作用。