生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用做基肥时，在施用有机肥条件下，应将生物菌肥与有机肥按500-500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3—5天，中间翻捣一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土。

施用菌肥做口肥，要注意与化肥分开用。先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下曝晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就要多一些，拌有菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中微生物。

适宜搭配，选择优有机物为有益微生物提供大量食物，有益微生物促进有机肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。

尿素含氮量高，施用后效果明显，它既可作基肥、追肥，还可作根外追肥，深受广大农民群众的喜爱。但若施用方法不正确，施用时期不适宜，就会导致其利用率显著下降，严重时利用率仅为10%～20%。种植户既花了钱，又浪费了时间，但却没有收到应有的效果，甚至还可能引发引发"肥害"，危害作物，因此，正确、科学地追施尿素非常必要。