分解土壤中的残留，避免残留对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的***物质进行分解。固氮、解磷、解钾功能　　能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥(土壤中难溶性磷肥占95%，难溶性钾占98%)进行分解，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。

生物有机肥相比生物菌肥的优势生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境

微生物在其繁殖和代谢过程中，对土壤中残留的化肥、有机、***及其它污染物等能进行分解、转化、固定、转移，并对其进行新的无害化合成，使之分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染程度。微生物菌肥是微生物肥料的通称，是一种带活菌体的辅助肥料，我们知道土壤中存在大量微生，有些有利于作物的生长，而有些***，微生物菌肥是人们用科学的方法从土壤中分离、培育有益的微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，增加作物的产量。

化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量。化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成循环。化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到***，造成土壤板结，农植物产量下降。