以菌克菌，强化有益菌群，能迅速补充土壤中有益菌，使得有益菌繁殖成为优势菌群，有益菌通过竞争作用、抗生作用、溶菌功能控制***微生物生存。抵御土壤中病害传播，少打复合微生物菌代谢产物有益于根系生长和壮大，有益菌分泌的类物质和多种活性酶，能有效***或杀灭致病菌，从而减轻土传病害的发生，减少化肥使用。但是菌肥质量和效果差的就是使用味精下脚料、造纸厂下脚料、工业废渣残渣、城市淤泥等作原料的菌肥了，使用这些原料做填充物的菌肥，使用到地里后，不仅作物吸收效率差、保水保肥能力差，而且对土壤和作物的危害风险比较大，即使价格卖的再便宜，也不建议大家使用，其中也不乏一些不乏企业用这种劣质原料冒充原料、把低成本的劣质菌肥当菌肥卖。

利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产微生物肥料(剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。

蘸根各种作物苗木在移栽之前，先将生物菌肥加一些细土，再对适量水搅拌成糊状泥浆，移栽时，将作物苗木的根部在泥浆中蘸一蘸。根部粘满生物菌肥泥浆后，再移栽，移栽完之后，将剩余泥浆加水稀释后浇灌在根部，相当于移栽后的浇水，水渗下后覆土。灌根用生物菌肥做追肥时，一般可采用灌根施用的方法。具体做法是将1千克生物菌肥加200-300千克水，配成菌肥溶液。