土壤结构由矿物质、有机物和微生物组成，是作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与一系列土壤肥力的形成和发展过程，如土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮的固定等。通过人工手段增加土壤中有益微生物的数量可以增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。尤其是作物根际土壤微生态系统的微生物活性对植物根系营养更为重要。因此，在植物根际施用微生物肥料可以增加根际土壤中有益***的数量和活性，从而提高土壤肥力。

刺激有机物释放富含营养的有机物，可以通过微生物活动不断释放植物生长所需的营养元素，从而达到持久肥效的目的。松土保肥，改善富环境有机质，还可以改善土壤物理性质，增加土壤团聚体结构，从而松土，减少土壤硬化，有利于节水、保肥、通气和根系发育，为作物提供适宜的微生态生长环境。目前，市场上出现的各种生物肥料实际上都是含有大量微生物的培养物。它们可以是或颗粒，或者它们可以是液态。将它们施用到土壤中，在适当的条件下进一步生长和繁殖，一方面可以将土壤中一些难以被植物吸收的养分转化为易于吸收的形式，另一方面可以分泌一些有利于植物生长的代谢物，并通过一系列的生命活动刺激植物生长。

微生物肥料分成三类:微生物菌剂、生物有机肥和复合型微生物肥料。微生物菌剂与生物有机肥的关键区分如下所示:1 .定义生物有机肥(Concept有机肥)就是指融合微生物肥料和有机肥的***，由特殊作用微生物和关键来自于动物与植物残体(如禽畜排泄物、粮食作物秸杆等)的有机化学化学物质构成的化肥。)并历经无害化和溶解。微生物菌剂(MicroSoft acument)就是指总体目标微生物(合理菌)历经工业生产和繁育后做成的活菌中药制剂。它有着同时或间接性改进土壤层、修复土壤有机质、保持化感微生物有益菌均衡、溶解******物等作用。将其运用于农业，根据在其中所含微生物的生命活动来提升绿色植物营养的供货或推动植物的生长，改进农业产品品质和农牧业生态环境保护。