例如，过磷酸钙容易被土壤固定，与菌肥混合后不能施用，从而减少了化肥与土壤的接触面，降低了养分的固定。同时，化肥也可以被***肥料吸收和储存，以减少养分流失。此外，当大量化肥单独施用或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒***，如果化肥与菌肥混合后施用，就不会出现这种问题。同时，由于化肥只能为作物提供一种或多种养分，长期施用会导致作物养分缺乏，微生物菌肥含有大量有益微生物，可以改善土壤理化性质和微生态菌群，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。此外，当微生物菌肥用作冲施的追肥时，由于其本身的养分含量不高，如果单独使用，可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以醉与化肥混合均匀。

微生物的个主要功能是分解土壤有机质。例如，施用到土壤上的作物和有机肥的残余根和叶只能通过土壤微生物的作用分解，释放营养元素供作物使用，形成腐殖质，并改善土壤的结构和耕作。同样的土壤有机质也是微生物的生存和繁殖，谷物微生物不能从土壤有机质中分离出来。这两者相辅相成。微生物可以促进营养吸收。提高肥料利用率。添加到生物肥料中的不同类型的菌具有不同的功能。例如，“枯草芽孢菌军”可以提高作物的抗逆性和固氮能力。“大孢子菌”能分解磷(磷***)，对土壤中有机磷有很好的降解效果。胶凝芽孢能溶解钾，释放可溶性磷、钾元素以及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。胶质孢子棒菌具有溶解磷、释放钾和固定氮的功能。

增加土壤有机质含量，促进植物生长，提高抗病性。例如，施用电磁杀菌剂可以有效防治温室黄瓜连作障碍。菌根***作为功能菌肥的应用可以防止草莓连作障碍。微生物菌剂的使用可以有效减少大豆连作障碍。1.2土壤改良研究表明，许多微生物菌肥中的有益微生物能产生糖类，糖类可占土壤有机质的千分之一。结合植物粘液、矿物胚和有机胶体，可以改善土壤团聚体的结构，增强土壤的物理性质，减少土壤颗粒的流失。此外，许多微生物肥料可以加速植物残体的分解，也参与腐殖质的形成。例如，利用枯草芽孢菌菌(Bacillus subtilis jun)作为功能菌，可以促进玉米秸秆还田后的分解速率，提高土壤的透气性。