土壤有机质含量低，菌剂进入土壤后没有营养供应，导致饥饿。目前，微生物接种肥料不能带来营养，对许多土壤来说并不好。

所用的菌剂功能单一，不能形成土壤、杀菌、解磷解钾、固氮、促根和营养供给的生态系统，从而使菌剂无法适应土壤环境中大量的硅。

首先，我们需要解决微生物存活的问题。微生物接种体的存活需要补充营养。因此，在有机质含量高的土壤上施用微生物肥料效果会更好。因此，当我们在土壤中施用微生物菌剂时，我们可以预先施用有机肥或腐熟的肥料。

微生物菌剂的合理使用可以改善土壤结构，减少肥料消耗，降低生产成本，提高作物质量，增加产量，从而提高产品的经济效益。1.释放土壤养分。微生物制剂含有大量有效***，可以将土壤中一些作物难以吸收的物质转化为可吸收利用的有效养分。有效菌分泌的胞外多糖是土壤团聚体结构的粘合剂，能增强土壤团聚体结构，疏松土壤，提高土壤渗透性和保水保肥能力，改善土壤养分供应。2、提高肥料利用率。微生物制剂中的大多数有效***都能分解土壤中的有机物。腐植酸是有机物分解过程中产生的。土壤中的腐植酸和氮形成腐植酸铵，可以减少氮肥的流失。

提高土壤肥力。复合肥养分单一，含量高，肥效快，但持续时间短。菌肥营养，肥效长，能改良土壤，增加土壤肥力。混合使用可以为作物创造良好稳定的吸收空间，不会导致“光长不宽”的现象。2.保存和储存营养，减少损失。复合肥溶解快，溶解度大。施于土壤后，浓度在小范围内增加，形成较高的渗透压，影响根系对水分的吸收。菌肥和复合肥的混合使用可以***土壤溶液中高浓度的突然增加。同时，菌肥可以改善作物的养分吸收条件，提高土壤的水肥储存能力，避免和减少复合肥养分的流失，提高复合肥的利用率。