微生物在农业中的作用已经逐渐被人们所认识。目前，许多***生产、施用和推广微生物肥料。微生物肥料适用于多种经济作物、大田作物、果树蔬菜、种苗花卉、***等。使用简单多样，可用作基肥或追肥。一些菜农认为菌肥不能与化肥混合，混合后高浓度的化学物质会灭菌肥料中的活性***，因此菌肥将失去其意义。事实上，没有必要担心这个问题。菌肥中的微生物有很强的生命力。除了不适合与碳酸氢铵等碱性肥料和等生理碱性肥料混合外，与其他肥料混合还有许多优点。

增加微生物肥料的使用，忽略作物所需元素的添加。

这种做法不科学。微生物肥料能改善土壤结构，为作物和土壤微生物的生长提供良好的营养和环境条件。如果施用更多的菌肥，不会发生烧根烧苗，但越多越好。这是因为氮、磷和钾是作物生长所需的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，并且不包含作物所需的太多这些元素。生物菌肥的作用是溶解磷和钾，帮助作物更好地吸收大量浪费的氮、磷、钾等元素(请注意，化肥的利用率只有30%左右，而氮、磷、钾大约70%白白浪费。微生物在菌肥中的重要作用是回收利用废弃的氮、磷、钾，为用户节约资金)。

协助作物消化吸收营养物质:比如，根瘤菌能够刺激性豆科植物植物的根产生腐病，使土壤中的氮能够转变成为作物能够吸取的基肥。 提高植物抗病力(虫类抵抗性):生物微生物中药制剂中的微生物能够在土壤中代谢素su、化肥和植物细胞生长因子。素su和灭虫剂能够杀掉植物病害的卵。植物细胞生长因子推动光合强度的提升，提升植物的呼吸作用工作能力。除此之外，它还能推动植物造成很多乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶、酶等酶，进而维持细胞质的可靠性，提升植物防御力。 提高植物的抗逆性:在使用一些生物微生物剂后，他们在土壤中很多生長繁育，并集聚在作物根处产生优点有益菌，在本身生长发育历程的并且还可以改进周边环境和植物的抗逆性。

1.微生物在土壤中物质和能量的输入和输出中起着非常重要的作用，它可以活化土壤的有机和无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；2.微生物通过代谢过程中氧气、二氧化碳和分泌的有机酸等酸性物质的交换，促进土壤中微量元素的释放和螯合，有效打破土壤硬化，促进团聚体结构的形成，改善土壤的通风条件，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；3.微生物在繁殖和代谢过程中可以降解土壤中残留的化肥、有机农业肥料、***等污染物，从而降低土壤污染程度。