微生物在农业中的作用已经逐渐被人们所认识。目前，许多***生产、施用和推广微生物肥料。微生物肥料适用于多种经济作物、大田作物、果树蔬菜、种苗花卉、***等。使用简单多样，可用作基肥或追肥。一些菜农认为菌肥不能与化肥混合，混合后高浓度的化学物质会灭菌肥料中的活性***，因此菌肥将失去其意义。事实上，没有必要担心这个问题。菌肥中的微生物有很强的生命力。除了不适合与碳酸氢铵等碱性肥料和等生理碱性肥料混合外，与其他肥料混合还有许多优点。

协助作物消化吸收营养物质:比如，根瘤菌能够刺激性豆科植物植物的根产生腐病，使土壤中的氮能够转变成为作物能够吸取的基肥。 提高植物抗病力(虫类抵抗性):生物微生物中药制剂中的微生物能够在土壤中代谢素su、化肥和植物细胞生长因子。素su和灭虫剂能够杀掉植物病害的卵。植物细胞生长因子推动光合强度的提升，提升植物的呼吸作用工作能力。除此之外，它还能推动植物造成很多乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶、酶等酶，进而维持细胞质的可靠性，提升植物防御力。 提高植物的抗逆性:在使用一些生物微生物剂后，他们在土壤中很多生長繁育，并集聚在作物根处产生优点有益菌，在本身生长发育历程的并且还可以改进周边环境和植物的抗逆性。

1.微生物在土壤中物质和能量的输入和输出中起着非常重要的作用，它可以活化土壤的有机和无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；2.微生物通过代谢过程中氧气、二氧化碳和分泌的有机酸等酸性物质的交换，促进土壤中微量元素的释放和螯合，有效打破土壤硬化，促进团聚体结构的形成，改善土壤的通风条件，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；3.微生物在繁殖和代谢过程中可以降解土壤中残留的化肥、有机农业肥料、***等污染物，从而降低土壤污染程度。

复合菌剂是有益的活性***。这些有益微生物由整个生态系统中存在的五类组成。在复合菌剂的菌液中，将对人类有益的好氧和厌氧有益微生物以适当的比例和的发酵工艺混合培养，形成各种微生物群落。它们在自己和彼此的生活中生长在母体(食物)中。通过这种共生增殖关系，它们形成了复杂而稳定的微生物系统，形成了强大而的优势。光合***(需氧和厌氧)光合***和蓝藻是***的营养微生物。菌体本身含有60多种蛋白质，富含多种***，还含有辅酶O10、抗病毒物质和生长促进因子。