微生物肥料的使用环境被忽视，导致使用效果不佳。

高温干旱条件下应避免使用微生物肥料。施用微生物肥料时，应注意温度和湿度的变化。在高温干旱条件下，微生物的生存和繁殖将受到影响，不能充分发挥其作用。应结合覆盖土壤和浇水等措施，以防止微生物肥料暴露在阳光直射下或因缺水而难以发挥作用。

还应注意微生物肥料的适当施用时间。早晚早或阴天无雨，避免阳光中的紫外线微生物sha，使用效果好。

此外，微生物肥料不能长时间浸泡在水中，应在稻田干湿交替灌溉，以促进生物***的活动。由需氧微生物主导的产品不应用于稻田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长和繁殖，微生物肥料适宜的土壤含水量为50%~70%。

土壤结构由矿物质、有机物和微生物组成，是作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与一系列土壤肥力的形成和发展过程，如土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮的固定等。通过人工手段增加土壤中有益微生物的数量可以增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。尤其是作物根际土壤微生态系统的微生物活性对植物根系营养更为重要。因此，在植物根际施用微生物肥料可以增加根际土壤中有益***的数量和活性，从而提高土壤肥力。

复合微生物肥料是无机营养元素、有机物和微生物菌的有机组合，体现了无机化肥、有机肥和微生物肥料的综合效应。它是一种能溶解土壤硬化、修复和调理土壤、提高化肥利用率、减少河流污染、减少病虫害发生、增强作物韧性、提高作物品质和产量的肥料。复合微生物肥料在农作物上的推广应用不仅可以提高无机肥料的有效利用率，而且表明枯草芽孢菌、地衣芽孢菌和嗜热脂肪芽孢菌生产的复合微生物肥料已经连续使用两年多。