但由于除尘器内向下高速旋转的气流使其顶部的压力下降，部分气流也会挟带细小的尘粒沿外壁旋转向上到达顶部后，沿排气管外壁旋转向下由排气管排出，导致旋风除尘器的除尘效率不可能为100%。根据除尘效率计算公式η=(1- So/Si)×100%，式中，η——除尘效率；So——出口处的粉尘的流人量，kg/h；Si——进口处的粉尘的流人量，kg/h。因为旋风除尘器的除尘效率不可能为100%，当进口粉尘流人量增加后，除尘效率虽有提高，排气管排出粉尘的量也会大大增加。所以，要使排放口的粉尘浓度降低，则要降低入口粉尘浓度，可采取多个旋风除尘器串联使用的多级除尘方式，达到减少排放的目的。

旋风除尘器对于大于10μm的较粗粒粉尘，净化效率很高。但对于5~10μm以下的细颗粒粉尘（尤其是密度小的细颗粒粉尘）净化效率较低，所以旋风除尘器多用于粗颗粒粉生的净化，或用于多级净化时的初步(级)处理。

目前在粉尘粒子粗、含尘浓度较大、要求除尘效率不太严格和高温高压条件下或是在流化床反应器内以及作为除尘器的预除尘器等方面，旋风除尘器仍不失为理想的除尘设备。对数微米以上（如>5μm）的尘粒使用小型旋风分离器有着良好的性能，对大气量可以采用数个至数十个并联设置的多管式旋风除尘器。

排风管插入深度一般以略低于进风口底部的位置为宜。 由于旋风除尘器单位耗钢量比较大，因此在设计方案上比较好的方法是从筒身上部向下材料由厚向薄逐渐递减！在筒体总高度一定的情况下，适当增加锥筒体部分的高度，有利提高除尘效率，一般圆筒体部分的高度为其直径的1.5倍，锥筒体高度为圆筒体直径的2.5倍时，可获得较为理想的除尘效率。