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组成蛋白质的大部分氨基酸是以埃姆登-迈耶霍夫（Embden－Meyerhof）途径与柠檬酸循环的中间物为碳链骨架生物合成的。例外的是芳香族氨基酸、组氨酸

氨基酸分解代谢所产生的α-酮酸，随着不同特性，循糖或脂的代谢途径进行代谢。α-酮酸可再合成新的氨基酸，或转变为糖或脂肪，或进入三羧循环，氧化分解成CO2和H2O，并放出能量。

肽链中的氨基酸由于形成肽键已经不是完整的分子，因此称为氨基酸残基。一般称多肽链有自由氨基的一端为肽链的氨基末端或N端；称有自由羧基的另一端为肽链的羧基末端或C端，肽的命名是根据其组成氨基酸残基确定的，通常从肽链的N端开始，例如，下列的五肽可命名为丝氨酰甘氨酰酪氨酰丙氨酰亮氨酸。