PCR反应特异性强：PCR反应的特异性决定因素为：①引物与模板DNA特异正确的结合；②碱基配对原则；③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；④靶基因的特异性与保守性。

其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及TaqDNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶基因区，其特异性程度就更高。

Hot Start PCR的原理

Hot Start PCR法是提高PCR特异性的重要方法之一。这种方法可以防止在PCR反应第yi步骤因引物的错配或引物二聚体的形成而导致的非特异性扩增，从而可以提高目的DNA部分片段的扩增效率。TaKaRa Taq Hot Start Version，TaKaRa Ex Taq Hot Start Version，TaKaRa LA Taq Hot Start Version，PrimeSTAR HS DNA polymerase，MightyAmp DNA Polymerase是抗1体和DNA聚合酶的混合制品。抗1体在高温加热前与聚合酶相结合，抑制聚合酶的活性。在PCR反应zui初的DNA变性步骤，抗1体变性，聚合酶活性恢复。

普通的PCR仪

把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，叫传统的PCR仪，也叫普通PCR仪。

它是由主机，加热模块，PCR管，热盖，控制软件组成。根据DNA部分片段高温解链，降温配对聚合原理，通过循环改变加热模块的温度，微量不易于分辨的的DNA部分片段进行扩增成大量的DNA部分片段，从而对其进行分析鉴定。根据需要可结合电泳仪，水平电泳槽，一起应用。如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是做简单的，对目的基因退火温度的扩增。

该仪器主要应用于医学临床检验，食品检测，科研机构，高等院校教学对遗传变异，基因表达等进行研究。