PCR循环参数

预变性模板DNA完全变性与PCR酶的完全激1活对PCR能否成功至关重要，建议加热时间参考***说明书，一般未修饰的Taq酶激1活时间为两分钟。 

变性步骤：循环中一般95℃，30秒足以使各种靶DNA序列完全变性，可能的情况下可缩短该步骤时间。变性时间过长损害酶活性，过短靶序列变性不，易造成扩增失败。 

引物退火：退火温度需要从多方面去决定，一般根据引物的Tm值为参考，根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对PCR的特异性有较大影响。

引物延伸：引物延伸一般在72℃进行（Taq酶***适温度）。但在扩增长度较短且退火温度较高时，本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定，一般推荐在1000bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。

循环数：大多数PCR含25-35循环，过多易产生非特异扩增。

***后延伸在***后一个循环后，反应在72℃维持10-30分钟．使引物延伸完全，并使单链产物退火成双链。

 PCR技术的基本原理

PCR技术是在模板DNA、引物和四种dNTP等存在的条件下.依赖于DNA聚合酶(T aq酶)的酶.促合成反应。其具体反应分三步:变性、退火、聚合。以上三步为一个循环，每一 循环的产物DNA又可以作为下一个循环模板,数小时后，介于两个引物之间的目的DNA得到了大量的copy，经25~ 30次循环DNA数量可达2x1067拷贝数。

锚定PCR(Anchored PCR. APCR技术.

用酶法在一通用引物反转录cDNA3'-末端加上一段已知序列，然后以此序列为引物结合位点对该cDNA进行扩增,称为APCR.应用:它可用于扩增未知或全知序列，如未知cDNA的制备及低丰度cDNA文库的构建。

突变：PCR克1隆的一大优点是能够通过克1隆将所需突变引入目的***中，以便进行突变研究。在 定1点突变中，经过设计的PCR引物可将碱基置换、删除或插入整合到特定序列中。引物***到已克1隆至质粒中的序列上。随后，含有引入突变的PCR产物通过自我连接，重新生成环状质粒，并用于转化感受态细胞。

测序：PCR是为测序富集模板DNA的一种相对简单的方法。为保证DNA序列准确性，强烈建议使用高保真PCR来制备测序模板。在 Sanger测序中，PCR扩增片段经纯化并用于测序反应。使用常用的测序引物结合位点对PCR引物的 5′末端进行标记，以简化测序工作流程。

         二代测序 （NGS）中，PCR被广泛用于构建DNA测序文库。在NGS文库制备中，DNA样品通过PCR反应富集（在起始量有限的情况下）并使用adaptor（以及用于多重检测的index）标记。除了具有高保真度，DNA聚合酶还应具有***小的扩增偏好性，从而使测序文库具有高覆盖度。