出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。

引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。

靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个***组或大片段的交叉污染，导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决：操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样内或溅出离心管外。除酶及不能耐高温的物质外，所有***或器材均应高压消毒。所用离心管及样进头等均应一次性使用。必要时，在加标本前，反应管和***用紫外线照射，以***存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染，这些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。可互相拼接，与引物互补后，可扩增出PCR产物，而导致假阳性的产生，可用巢式PCR方法来减轻或消除。

突变：PCR克1隆的一大优点是能够通过克1隆将所需突变引入目的***中，以便进行突变研究。在 定1点突变中，经过设计的PCR引物可将碱基置换、删除或插入整合到特定序列中。引物***到已克1隆至质粒中的序列上。随后，含有引入突变的PCR产物通过自我连接，重新生成环状质粒，并用于转化感受态细胞。

测序：PCR是为测序富集模板DNA的一种相对简单的方法。为保证DNA序列准确性，强烈建议使用高保真PCR来制备测序模板。在 Sanger测序中，PCR扩增片段经纯化并用于测序反应。使用常用的测序引物结合位点对PCR引物的 5′末端进行标记，以简化测序工作流程。

         二代测序 （NGS）中，PCR被广泛用于构建DNA测序文库。在NGS文库制备中，DNA样品通过PCR反应富集（在起始量有限的情况下）并使用adaptor（以及用于多重检测的index）标记。除了具有高保真度，DNA聚合酶还应具有***小的扩增偏好性，从而使测序文库具有高覆盖度。

梯度PCR仪

把一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度），通常12钟温度梯度，这样的仪器就叫梯度PCR仪。

工作模式和原理同普通PCR仪一样，它出了又普通PCR仪的功能外还多了一个梯度退火功能。DNA部分片段的扩增对温度的控制精度要求特别高，不同的DNA部分片段其退火温度不一样，通过计算DNA部分片段中的CG碱基的含量只能初步的判断出***优退火温度在+5℃范围内，如果用普通PCR仪进行研究，需重复扩增很多次，然后做电泳进行分析来确定***优退火温度。而梯度PCR仪则只需要一次就可以完成，在节省了时间的同时提高了实验的可靠性和准确性。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间和经费。在不设置梯度的情况下，梯度PCR仪也可以做普通PCR扩增。

该仪器主要应用于科研，教学机构，***临床研究，高等院校，病毒分析，疾控中心等。