PCR反应特异性强：PCR反应的特异性决定因素为：①引物与模板DNA特异正确的结合；②碱基配对原则；③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；④靶***的特异性与保守性。

其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及TaqDNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶***片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶***区，其特异性程度就更高。

LA PCR的原理

LA PCR的关键是具有3′→5′Exonuclease活性 (Proof reading活性) 的耐热性DNA聚合酶。在PCR过程中当有错误的碱基摄入时，反应性能将大幅度下降，TaKaRa Ex Taq 和TaKaRa LA Taq 依靠3′→5′Exonuclease活性可将错配的碱基除去，从而延伸反应能顺利地进行下去，使长链DNA的扩增成为可能。

Hot Start PCR的原理

Hot Start PCR法是提高PCR特异性的重要方法之一。这种方法可以防止在PCR反应第yi步骤因引物的错配或引物二聚体的形成而导致的非特异性扩增，从而可以提高目的DNA部分片段的扩增效率。TaKaRa Taq Hot Start Version，TaKaRa Ex Taq Hot Start Version，TaKaRa LA Taq Hot Start Version，PrimeSTAR HS DNA polymerase，MightyAmp DNA Polymerase是抗1体和DNA聚合酶的混合制品。抗1体在高温加热前与聚合酶相结合，***聚合酶的活性。在PCR反应***初的DNA变性步骤，抗1体变性，聚合酶活性***。