随着***组测序、分子生物学检测手段的快速发展,PCR和荧光定量PCR实验,正在越来越多的实验室应用。然而,PCR作为一种高灵敏度的检测手段,PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。
PCR实验室中,很容易发生DNA的交叉污染,污染通常来自于离心管、移液器和其他试验设备产生的DNA气溶胶,或DNA溶液污染桌面,或吸样枪不慎将样品或模板核酸吸入枪内。据估算,一个气溶胶颗粒可含48000个DNA拷贝。 因此,为保证PCR试验的数据准确,避免交叉污染,应定期对PCR实验室做DNA污染情况的监测。
在选用支原体PCR法检测来替代药典方法时,需要考虑如下两个方面:
首先一步是要使用符合欧洲药典要求,经过全方面验证的支原体检测***盒,第二部是自我验证,即确认所用的样本基质对于该***盒方法是合适的,并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的***盒,然后加入10CFU的标准品,做复孔(通常是8个复孔),并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供CFU与***拷贝数的比值,以方便二者的换算。因为10CFU只能确定PCR能够达到的检测限在10CFU以下,但无法具体确定灵敏度的数值。带DNA拷贝数标定的***组DNA标准品则可进一步确定检测限的数值。
总之,PCR方法很有用,但需要避免假阴性,验证时应使用阳性对照、阴性对照、无模板对照和内控对照,以保证PCR反应正常,以及支原体少量存在时确实能检出来,支原体不存在时也确保是结果阴性,从而使得PCR方法在工业应用时能确保***终结果的可靠。
植物DNA的SDS提取法:1 取2-3g新鲜叶片,在液氮中研磨成粉状(防止溶化)后转入15ml离心管中。2 加入5ml于65℃预热的提取缓冲液,65℃水浴保温30min(摇动数次),使提取液与样品充分混合。3 加入2ml5mol/LKAc,剧烈振荡,冰浴保温20min以上。4 2700×g离心20min,将上清液倒入新的15ml离心管中,(若提取DNA用于Southern等实验,一般在转移上清时加滤膜,防止样品残渣混入,可保证DNA纯度)。5 加入4ml氯1仿/异戊1醇(24∶1),摇匀,平衡,2700×g离心15min。6 在另一新的15ml离心管中加入5ml预冷的异丙1醇,将上清液用移液枪转入此管,在-20℃冷却30min以上。7 2700×g离心10min,弃去上清液,用4ml70%乙醇洗涤,室温保持10min。2700×g离心3min,倒去上清液。8 重复步骤7,用4ml70%乙醇洗涤,室温保持10min。2700×g离心3min,倒去上清液。超净工作台内吹干(3h左右)。9 加1mlTE缓冲液中溶解,加10μlRNase(10mg/ml),在37℃恒温箱中温育20min。10 再加100μl3mol/LNaAc和2ml无水乙醇,2700×g离心3min,倒去上清液。超净工作台内吹干(3h左右)。11 将DNA沉淀溶于150μlTE中,置于超净工作台内(3h左右)。将TE溶液转入已灭菌的1 5mleppendorf管中,-20℃保存备用。
在整个核酸检测的过程中,***大的挑战是什么?
不是实验室的负压状态,也不是全副武1装的超负荷工作,访问中工作人员不约而同地提到了一个词:准确。新型冠状病毒检测受到患者病程发展以及样本采集等诸多因素的影响,每一个样本都是一道待解的难题,需要排除各种干扰,才能找到准确结果。为了确保检测结果的准确性,只要检测结果存疑,就必须再次复核,还可能要重新检测。
***实验室主要检测的是血液样本。***实验室收到口岸送样后,登记、编号、录入信息,血常规检测为自动化操作,每个样本检测时间为1分钟,可实时获得口岸现场被采样入境人员的白细胞和淋巴细胞计数,作为新冠肺1炎的临床表现判断依据之一。卫生检疫综合实验室和***实验室多种检测方法同时检测,综合判断,确保结果准确性。
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