tRNA二级结构
约50%碱基配对,形成四段双螺旋,与五段非配对序列形成三叶草形结构。
该结构中存在四臂四环:
①氨基酸臂。
②二氢尿***H4N2臂(DHU臂、D臂)和二氢尿***H4N2环(DHU环、D环),特征是含二氢尿***H4N2(DHU、D)。
③反密码子臂和反密码子环,特征是反密码子环含反密码子。反密码子5′端与尿苷酸连接,3′端与piao呤核苷酸连接。TΨC臂(T臂)和TΨC环(Ψ环),特征是TΨC环含胸腺***H4N2核糖核苷酸T54假尿苷酸Ψ55胞苷酸C56。
④额外环3~21nt。
tRNA三级结构呈L形,氨基酸结合位点位于其一端,反密码子环位于其另一端,DHU环和TΨC环虽然在二级结构中位于两侧,但在三级结构中却相邻。尽管各种tRNA的长度和序列不尽相同,但其三级结构相似,提示三级结构与其功能密切相关。
植物DNA的SDS提取法:1 取2-3g新鲜叶片,在液氮中研磨成粉状(防止溶化)后转入15ml离心管中。2 加入5ml于65℃预热的提取缓冲液,65℃水浴保温30min(摇动数次),使提取液与样品充分混合。3 加入2ml5mol/LKAc,剧烈振荡,冰浴保温20min以上。4 2700×g离心20min,将上清液倒入新的15ml离心管中,(若提取DNA用于Southern等实验,一般在转移上清时加滤膜,防止样品残渣混入,可保证DNA纯度)。5 加入4ml氯1仿/异戊1醇(24∶1),摇匀,平衡,2700×g离心15min。6 在另一新的15ml离心管中加入5ml预冷的异丙1醇,将上清液用移液枪转入此管,在-20℃冷却30min以上。7 2700×g离心10min,弃去上清液,用4ml70%乙醇洗涤,室温保持10min。2700×g离心3min,倒去上清液。8 重复步骤7,用4ml70%乙醇洗涤,室温保持10min。2700×g离心3min,倒去上清液。超净工作台内吹干(3h左右)。9 加1mlTE缓冲液中溶解,加10μlRNase(10mg/ml),在37℃恒温箱中温育20min。10 再加100μl3mol/LNaAc和2ml无水乙醇,2700×g离心3min,倒去上清液。超净工作台内吹干(3h左右)。11 将DNA沉淀溶于150μlTE中,置于超净工作台内(3h左右)。将TE溶液转入已灭菌的1 5mleppendorf管中,-20℃保存备用。
DNA提取过程中各种***的作用及原理
溶液I—溶菌液:
溶菌酶:它是糖苷水解酶,能水解菌体细胞壁的主要化学成分肽聚糖中的β-1,4糖苷键,因而具有溶菌的作用。当溶液中pH小于8时,溶菌酶作用受到***。
葡萄糖:增加溶液的粘度,维持渗透压,防止DNA受机械剪切力作用而降解。
EDTA:
(1)螯合Mg2+、Ca2+等金属离子,***脱氧核糖核酸酶对DNA的降解作用(DNase作用时需要一定的金属离子作辅基);
(2)EDTA的存在,有利于溶菌酶的作用,因为溶菌酶的反应要求有较低的离子强度的环境。
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