随着***组测序、分子生物学检测手段的快速发展,PCR和荧光定量PCR实验,正在越来越多的实验室应用。然而,PCR作为一种高灵敏度的检测手段,PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。
PCR实验室中,很容易发生DNA的交叉污染,污染通常来自于离心管、移液器和其他试验设备产生的DNA气溶胶,或DNA溶液污染桌面,或吸样枪不慎将样品或模板核酸吸入枪内。据估算,一个气溶胶颗粒可含48000个DNA拷贝。 因此,为保证PCR试验的数据准确,避免交叉污染,应定期对PCR实验室做DNA污染情况的监测。
PCR方法已广泛用于科研,在工业中也有不断扩大应用的趋势,它包括检测一些病原体、检测支原体污染、检测***污染以及检测残留宿主DNA等。
PCR在工业中的应用主要存在一个方法验证的问题,尤其是灵敏度的验证。灵敏度不够,就会发生漏检。另外,PCR所直接面对的样本是DNA,而非病原菌或DNA,因此还需要做DNA抽提,这也是要注意的。
因此,如能采用PCR检测支原体并替代药典方法,还是能节省很多时间和精力。但PCR方法的验证需要较为完整。灵敏度验证是一个重要方面。灵敏度不够,就会发生漏检。《欧洲药典》第2.6.7章(EP 2.6.7)和《日本药典》第十七版第G3章(JP G3),都规定,对于核酸扩增法(如PCR)检测支原体,如替代传统的培养法,都要求检测限达到10 CFU/ml。
具体验证可使用10CFU的支原体灵敏度标准品,它一般为冻干粉形式,需要用待测样本的样本基质(需保证里面不含支原体)来复溶,再进行DNA抽提以及PCR检测。如检测的电泳有条带,或者qPCR检测后的Ct值小于40,即表明检测成功。
RNA病毒检测***盒用于定性检测和分析RNA病毒和RNA分子,特别适合检测病毒等此类病毒。
组分1. ConviFlex? RT-Taq Mix的冻干粉包含:MuLV逆转录酶、Taq聚合酶及dNTP。
其中MuLV逆转录酶,来自小鼠白血1病病毒(M-MuLV)并经过***修饰。
这里的Taq聚合酶另兼具热启动功能。
此Taq酶在室温下,活性被抗1体所***,当温度达到70°C以上时,才会被完全激1活。
在70°C 以下时,由于Taq酶没有完全活化,因此实验不会产生非特异性PCR产物和引物二聚体。热启动Taq酶的使用可使PCR具有更高的特异性和灵敏度。
适用于PCR研究的快速提取法:
1 田间剪取植株新鲜叶片5-10mg(约2cm长)左右,新鲜叶片放于1 5ml离心管中,存于冰盒中,根据样品号贴上相应的标签。
2 用剪刀将叶片***剪细(约0 5cm长)放在点穴式研板中。
3 加入400μlDNA提取缓冲液,用玻棒将叶***研细,直到液体变成深绿色即可。
4 再加400μlDNA提取缓冲液,混合均匀,转入一新的1 5ml离心管(贴上相应的编号)。
5 加400μl氯1仿,混合均匀后,2400×g离心30s,将上清液转入一支新的1 5ml离心管(贴上相应的编号)。
6 加800μl无水乙醇,混匀,2400×g离心3min。弃上清。
7 70%乙醇冲洗,风干。
8 用50μlTE缓冲液溶解,存于-20℃。
9 取1μl用于PCR分析。
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