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燃素时期这个时期从1650年到1775年，是近代化学的孕育时期。随着冶金工业和实验室经验的积累，人们总结感，进行化学变化的理论研究，使化学成为自然科学的一个分支。这一阶段开始的标志是英国化学家波义耳为化学元素指明科学的概念。

成为说明化学现象的统一理论。接着意大利科学家阿伏加德罗提出分子概念。自从用原子-分子论来研究化学，化学才真正被确立为一门科学。这一时期，建立了不少化学基本定律。俄国化学家门捷列夫发现元素周期律，德国化学家李比希和维勒发展了有机结构理论，这些都使化学成为一门系统的科学，也为现代化学的发展奠定了基础。

其中以X射线衍射法的应用所积累的精密分子立体结构信息。研究物质结构的谱学方法也由可见光谱、紫外光谱、红外光谱扩展到谱、电子共振谱、光电子能谱、射线共振光谱、穆斯堡尔谱等，与计算机联用后，积累大量物质结构与性能相关的资料，正由经验向理论发展。

电子显微镜放大倍数不断提高，人们可以直接观察分子的结构。经典的元素学说由于性的发现而产生深刻的变革。从性衰变理论的创立、同位素的发现到人工核反应和核裂变的实现、的发现、中子和正电子及其它基本粒子的发现