酵母基因组另一个明显的特征是含有许多DNA重复序列，其中一部分为完全相同的DNA序列，如rDNA与CUP1基因、Ty因子及其衍生的单一LTR序列等。在基因的间隔区包含大量的三核苷酸重复，引起了人们的高度重视。因为一部分人类遗传疾病是由三核苷酸重复数目的变化所引起的。还有更多的DNA序列彼此间具有较高的同源性，这些DNA序列被称为遗传丰余（geic redundancy）。酵母多条染色体末端具有长度超过几十个kb的高度同源区，它们是遗传丰余的主要区域，这些区域至今仍然在发生着频繁的DNA重组过程。遗传丰余的另一种形式是单个基因重复，其中以分散类型为典型，另外还有一种较为少见的类型是成簇分布的基因家族。成簇同源区（cluster homology region，简称CHR）是酵母基因组测序揭示的一些位于多条染色体的同源大片段，各片段含有相互对应的多个同源基因，它们的排列顺序与转录方向十分保守，同时还可能存在小片段的插入或缺失。这些特征表明，成簇同源区是介于染色体大片段重复与完全分化之间的中间产物，因此是研究基因组进化的良好材料，被称为基因重复的化石。染色体末端重复、单个基因重复与成簇同源区组成了酵母基因组遗传丰余的大致结构。研究表明，遗传丰余中的一组基因往往具有相同或相似的生理功能，因而它们中单个或少数几个基因的突变并不能表现出可以辨别的表型，这对酵母基因的功能研究是很不利的。所以许多酵母遗传学家认为，弄清遗传丰余的真正本质和功能意义，以及发展与此有关的实验方法，是揭示酵母基因组全部基因功能的主要困难和中心问题。




危害有些酵母菌对生物或用具是有害的，例如红酵母（Rhodotorula）会生长在浴帘等潮湿的家具上；白色假丝酵母（或称白色）（Candida albicans）会生长在衬壁等湿润的人类上皮组织。：能够引起以及等疾病。白色在人类身上主要出现在口腔，肠道, 等部位的粘膜上, 小部分生活在皮肤表面. 正常情况下，以酵母细胞型存在，没有致病性；在一些因素的诱导下，比如缺陷，过量使用等，白色大量转化为菌丝生长型，并大量繁殖，患者粘膜系统，引起而发病。在怀孕晚期服用避孕药的妇女中，极易，其中一个可能的诱因便是身体上的出现了失衡。白色隐球菌（Cryptocous albidus）：是一种一般对人类无害的出芽型酵母菌。但在系统缺陷者身上，可能引起一种名为隐球菌病（cryptocoosis）的疾病。另外，有案例显示，一位进行抑制的肺部受到白色隐球菌的后，导致出现急性呼吸窘迫综合症（ARDS）的病症。酿酒酵母（Saharomyces sereviciae）：一般不被认为是条件性致病菌，但是也有少量的报告显示出酿酒酵母具有致病能力。




测定基因上限：日本冈山大学与日本东北大学的研究人员利用的方法测定了酵母菌所有基因的次数上限，发现大多数基因即使次以上，细胞仍能维持正常功能，而一些基因只数次就会引发细胞。研究小组使用约有6000个基因的酵母菌进行实验，调查它所有基因的次数上限，即基因次数到何种程度时会导致细胞。结果发现，有80%以上的基因分别超过次后，酵母菌的细胞依然维持着正常功能。但是，有115个基因只数倍就会导致酵母菌。这些基因多数与细胞内运输和细胞骨架等基础功能有关，还有的基因与制造细胞内蛋白质或蛋白质复合体有关。研究小组认为，这些基因数倍后，导致不必要地大量合成或分解蛋白质，给细胞造成负担，使酵母菌内的平衡严重紊乱，从而导致酵母菌。

酵母水解物经自溶酶、外源性酶酶解功效，营养元素充足释放出来，具备较高的消化使用率。研究表明，做为的蛋白质資源，酵母水解物在水产品饲料中可做为取代鱼粉的多功能性蛋白质原材料应用。Lunger等在军曹鱼饲料中梯度方向减少鱼粉用量，并逐渐提升酵母水解物用量，结果显示加上酵母水解物能够降低饲料中25％的鱼粉用量，做到不错的生长发育实际效果。Peterson等实验说明，饲料中可加上10％酵母水解物(饲料中鱼粉用量2.5％)而对叉尾鲴的生长发育性能不容易导致危害。王武刚在南美白对虾饲料中加上酵母水解物。结果显示，酵母水解物的应用提升 了饲料干物质和粗脂肪传导率吸收率，提升了对贝类蛋白酶和胃蛋白酶魅力。但减少了淀粉酶活力，减少30％鱼粉用量而应用8.5％酵母水解物取代组鱼饵指数与对照实验沒有明显差别。杨凡科学研究也说明，1％酵母水解物相互配合豆柏应用以取代33％鱼粉，对异育银鲫生长发育无危害，对其性能有显著推动作用。