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这一理论称为能量图景，漏斗下方的凹凸反映蛋白质构象瞬间进入局部自由能小区域。能量图景的示意图，高度代表能量尺度，宽度代表构象尺度，在漏斗（funnel）的下方存在别的低能量状态，共存的不同能量状态的蛋白质种类也降到小。

氨基酸在水溶液或结晶内基本上均以兼性离子或偶极离子的形式存在。所谓离子是指在同一个氨基酸分子上带有能释放出质子的NH3+缬氨酸离子和能接受质子的COO-负离子，因此氨基酸是电解质。氨基酸的等电点：氨基酸的带电状况取决于所处环境的pH值

生物合成的氨基酸除作为蛋白质的合成原料外，还用于、木质素等的合成。另一方面，氨基酸在生物体内由于氨基转移或氧化等生成酮酸而被分解，或由于脱羧转变成胺后被分解 [7]  。22种蛋白质氨基酸在结构上的差别取决于侧链基团R的不同。通常根据R基团的化学结构或性质将22种氨基酸进行分类