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蛋白质是由α-氨基酸通过肽键构成的高分子化合物，在蛋白质分子中存在着氨基和羧基蛋白质在酸、碱或酶的作用下发生水解反应，经过多肽，得到多种α-氨基酸。蛋白质水解时，应找准结构中键的“断裂点”，水解时肽键部分或全部断裂。基酸相似，蛋白质也是物质。

这一理论称为能量图景，漏斗下方的凹凸反映蛋白质构象瞬间进入局部自由能小区域。能量图景的示意图，高度代表能量尺度，宽度代表构象尺度，在漏斗（funnel）的下方存在别的低能量状态，共存的不同能量状态的蛋白质种类也降到小。

氨基酸在水溶液或结晶内基本上均以兼性离子或偶极离子的形式存在。所谓离子是指在同一个氨基酸分子上带有能释放出质子的NH3+缬氨酸离子和能接受质子的COO-负离子，因此氨基酸是电解质。氨基酸的等电点：氨基酸的带电状况取决于所处环境的pH值